Adaptacja piwnic na Muzeum Dawnych Tortur prowadzona była w ramach projektu realizowanego w latach 2005-2007, dzięki dotacji w ramach programu operacyjnego Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego „Rozwój infrastruktury kultury i szkolnictwa artystycznego oraz wzrost efektywności zarządzania kulturą” (450.000 zł), jak również z dotacji celowych Województwa Lubuskiego (200.000 zł). Założenia projektu realizowane były etapowo. W roku 2005, dzięki ministerialnej dotacji, rozpoczęto I etap prac budowlanych polegających na obniżeniu posadzki, założeniu systemu odwodnienia, skuciu tynków, wykonaniu nowych ław fundamentowych. Przeprowadzono wówczas także szereg prac elektrycznych, wodno-kanalizacyjnych, związanych z instalacja centralnego ogrzewania. Przyznana dotacja umożliwiła także dokonanie pierwszych zakupów związanych z wyposażeniem ekspozycji. Zlecono wykonanie w oparciu o źródła kopii narzędzi tortur, ikonografii przedstawiających metody ich stosowania oraz zakupiono manekiny stanowiące element aranżacji ekspozycji. II etap prac nad utworzeniem Muzeum Dawnych Tortur polegał na kontynuacji prac budowlanych i wykończeniowych, wymianie okien. Zainstalowano wówczas kraty, przewody wentylacyjne, sprzęt nagłaśniający, oraz system alarmowy. Uzupełniono także wyposażenie muzealnej ekspozycji – zakupiono gabloty, kolejne z cyklu grafiki oraz eksponaty.