W 1486 roku wydano najsłynniejszą książkę, swego rodzaju podręcznik dla łowców czarownic – Młot na czarownice (Malleus Maleficarum), autorstwa dwóch niemieckich uczonych Heinricha Kramera (Institorisa) i Jakoba Sprengera. Do momentu zakończenia procesów w Zielonej Górze, do 1669 roku publikacja doczekała się 29 wydań, zajmując pod względem popularności i wysokości nakładu drugie miejsce, tuż po Biblii. Według niemieckich uczonych czarami zajmowały się przede wszystkim kobiety, predysponowane do tego przez naturę. Potwierdzeniem tej teorii miała być etymologia słowa „kobieta”. Łacińskie słowo femina oznacza mniej wiary (fe = fides, czyli wiara oraz mina = minus, czyli mniej). Sięgając do Biblii twierdzono ponadto, że postacie męskie częściej są pozytywne np. Jezus i apostołowie, natomiast Ewa pierwsza uległa zakusom diabła. Inne doktryny zawarte w Młocie na czarownice głosiły, że wiara w istnienie czarownic jest nieodłączną częścią wiary katolickiej, a nie przyjmowanie tego za dogmat jest jednoznaczne z herezją. Kobiety jako słabsza płeć, zmuszone są szukać w diable swego sprzymierzeńca do swych niecnych praktyk.

Istotną rolę w rozwoju prześladowań czarownic odegrała bulla Summis desiderantes affectibus papieża Innocentego VIII, który potępił czarownice i nakazał je surowo karać. Summa… upoważniała inkwizytorów do tropienia wspólniczek szatana. Co ciekawe Młot na czarownice został potępiony przez wydział teologiczny Uniwersytetu w Kolonii natychmiast po jego ukazaniu się 9 maja 1487 roku. W 1490 Inkwizycja skrytykowała go za niezgodność z teologią katolicką i propagowanie nieetycznych procedur prawnych. Mimo to książka cieszyła się popularnością wśród łowców czarownic. W Polsce publikacja pojawiła się w 1614 roku przetłumaczona przez Ząbkowica. W praktyce większość oskarżonych o czary stanowiły kobiety, które pochodziły z niższych warstw społecznych.

Apogeum procesów o czary to okres pomiędzy XV a XVII wiekiem, to także czas największej ilości procesów i wykonanych wyroków. Spektrum oskarżeń było bardzo szerokie od paktowania z diabłem poprzez latanie na miotłach, nielegalne uczestnictwo w sabatach, czczenie diabła, sprowadzanie nieszczęść i kataklizmów, opętań, śmierci, impotencji, bezpłodności ludzi i zwierząt, profanacja symboli religijnych, zabicie krowy sąsiada, spowodowanie gradobicia, zniszczenie plonów, skończywszy na kradzieży i zjadaniu dzieci.

Trudno jednoznacznie orzec kiedy rozpoczęły się polowania na czarownice. Obrzędy magiczne występowały w kulturach pierwotnych i wówczas miały pozytywny charakter. Praktyki magiczne miały zapewnić obfite plony, przychylność rozmaitych bóstw lub pomyślny wynik wyprawy wojennej. W związku z tym osoby zajmujące się czarami, szamani, czarownicy cieszyli się uznaniem i estymą społeczną. Wraz z nadejściem religii monoteistycznej – chrześcijaństwa, zabrakło miejsca na wierzenia lokalne i bóstwa. Z czasem chrześcijaństwo stało się religią dominującą, a za modlitwy do pogańskich bogów groziły represje. Początkowe sankcje nie były dotkliwe, jednak później czary uznano za herezję, za którą groziła śmierć na stosie. Średniowiecze, a potem wojny religijne spowodowały, że procesy o czary stały się zjawiskiem masowym. Późne średniowiecze to czas rozwoju prześladowań. Geograficznie procesy postępowały z terenów zajętych przez Arabów, a więc półwyspu Iberyjskiego, których odmienność kulturowa – język, religia prowadziły do konfliktów. Z czasem doszły do tego walki z albigensami i katarami oraz innymi odłamami religijnymi, a ich zwieńczeniem był słynny proces templariuszy. W ten sposób fala prześladowań rozlała się na pozostałą część kontynentu. W pierwszej połowie XIII wieku powołano Świętą Inkwizycję zwalczającą w społeczeństwie oznaki herezji. Procesy o czary rozpętały się na dobre dopiero w połowie XV wieku, kiedy papież Mikołaj V w liście do Hugunesa Lenoira, inkwizytora na Francję, przekazał inkwizycji prawo do zajmowania się wszystkimi przypadkami praktyk magicznych i czarów. Największe natężenie polowania na czarownice osiągnęły w krajach Rzeszy Niemieckiej.

Kulminacja polowań na czarownice przypadała na okres wojen religijnych, zrodzonych w toku reformacji i kontrreformacji. Do polowań na czarownice powołany został cały system prokuratorsko-śledczy oraz lekarski (uznano, iż lekarze potrafią odróżnić sprawy diabelskie od defektów somatycznych). Przyznanie się do winy było koronnym dowodem. Ówczesne prawo zezwalało na zadawanie cierpienia fizycznego w toku śledztwa dla wymuszenia zeznań. Stosowano też rozmaite próby mające wykazać winę lub niewinność oskarżonej.

Wbrew powszechnemu przekonaniu procesy o czary nie zawsze kończyły się skazaniem na śmierć. Bywało, że w sprawie zapadało uniewinnienie, stosowano też lżejsze kary, np. chłostę, wydalenie z miejsca zamieszkania czy nałożenie rekompensaty pieniężnej na rzecz domniemanej ofiary czarów. Historycy nie są zgodni ani co do liczby ofiar, ani proporcji osób skazanych do uniewinnionych.