Muzeum Ziemi Lubuskiej jest organizatorem i współorganizatorem sesji i konferencji naukowych z udziałem uznanych badaczy i autorytetów w zakresie historii, sztuki i muzealnictwa. Części z konferencji towarzyszą publikacje, w których znaleźć można większość prezentowanych podczas sesji wystąpień. Do najważniejszych tego typu wydarzeń, w których organizacji Muzeum uczestniczyło należą:

• Konferencja naukowa Zielona Góra – przeszłość, teraźniejszość i przyszłość
  Współorganizator: Polskie Towarzystwo Historyczne O/Zielona Góra, 28 września 2016
• Sesja popularnonaukowa pt. Lubuscy Żołnierze Wyklęci i Niepokorni Zielona Góra, 27 II 2014
• Konferencja naukowa Żydzi w dziejach pogranicza polsko-niemieckiego Zielona Góra – Miedzyrzecz, 4 – 5 VI 2013 (współorganizatorzy: Instytut Historii UZ, Muzeum Ziemi Lubuskiej w Zielonej Górze, Muzeum Ziemi Międzyrzeckiej, Studenckie Koło Archeologiczne, Towarzystwo Studiów Łużyckich , Polskie Towarzystwo Historyczne O/Zielona Góra)
• Konferencja naukowa – Jenieckie losy św. Maksymiliana Kolbego na Ziemi Lubuskiej7 XII 2011
• Konferencja naukowa – Lubuskie miejsca pamięci w procesie edukacji szkolnej organizowana we współpracy z Ośrodkiem Doskonalenia Nauczycieli w Zielonej Górze, 20 IX 2011
• Międzynarodowa konferencja Emigracja z Klępska i okolic do Australii w 1838 roku organizowana wspólnie z Gminą Sulechów, 3 VII 2009, Sulechów
• Sesja “Przesiedleni i wypędzeni” organizowana wspólnie z Stowarzyszeniem Promowania Myślenia Obywatelskiego, Niemieckim Instytutem Historycznym w Warszawie oraz z Fundacji Rozwoju Demokracji Lokalnej, 26 IX 2007, Zielona Góra
• Międzynarodowa konferencja Rola muzeów w turystyce i krajoznawstwie organizowana wspólnie z Państwową Wyższą Szkołą Zawodową w Sulechowie, 13-15 X 2005, Zielona Góra – Sulechów