Największą kolekcję Działu Historycznego stanowi ikonografia miejska. Zalicza się do niej wizerunki miasta na pocztówkach (przedwojennych i powojennych), zdjęciach i fotogramach. Najbardziej interesujące są pocztówki przedwojenne pokazujące urokliwą, osobliwą i atrakcyjną Zieloną Górę. Niektóre budynki, zakątki czy uliczki niewiele zmieniły swój wygląd i niemal w takim stanie możemy je podziwiać do dziś.
Przed- i powojenne fotografie miasta stanowią niezwykłą dokumentację zmian, jakie nastąpiły w rozwijającym się po wojnie mieście. Szczególnie nieszablonowa jest kolekcja zdjęć wykonana na płytach szklanych przez zielonogórski Urząd Budowlany w latach 20. i 30 XX wieku. Urzędnicy dokumentowali zmiany zachodzące w mieście. Na płytach szklanych zapisywali oblicza miasta w różnych sytuacjach np. podczas remontów ulic, przebudowy domów, kanalizacji miasta, zmian nawierzchni ulic itp.
Muzealna ikonografia jest wykorzystywana nie tylko na wystawach muzealnych, ale także komercyjnie, jako wielkoformatowe wydruki na budynkach w mieście, w galerii handlowej Focus Mall, prywatnych firmach i kalendarzach.
Pieczęcie są znakami własnościowymi i rozpoznawczymi osób lub instytucji. Wyciskane za pomocą stempla zaświadczają wiarygodność oraz nadają moc prawną pismu lub dokumentowi. Muzeum Ziemi Lubuskiej w swych zbiorach posiada pieczęcie różnych osób prawnych: instytucji miejskich, organizacji społecznych, cechów związanych zarówno z Zieloną Góra, jak i regionem. Najliczniej reprezentowane są koliste, owalne i czworoboczne obrazowe pieczęcie miejskie wystawiane przez instytucje samorządu miejskiego. Wyobrażenia pieczętne wykorzystują różne motywy zależnie od wystawcy – zawierają elementy topograficzne, a więc budowle, fragmenty architektury, narzędzia rzemieślnicze, tarczę herbową, inicjały lub dewizy prywatnego wystawcy lub instytucji.
Afisze wyborcze stanowią znaczącą część zbiorów Działu Historycznego. W czasie wyborów odgrywały istotną rolę w życiu politycznym informując o startujących partiach czy kandydatach. Obecnie jednostronne druki dużego formatu dokumentują przebieg rozmaitych walk wyborczych, wydarzeń kulturalnych i inicjatyw społecznych.
Sztandar jest jednocześnie znakiem rozpoznawczym i symbolem państwa, miasta, oddziału wojsk, czy rozmaitych organizacji: politycznych, społecznych, kościelnych, sportowych. W zbiorach Działy Historycznego zielonogórskiego Muzeum znajdują się głównie sztandary partyjne PZPR oraz zakładów pracy. Trafiały one do zbiorów najczęściej drogą przekazów po likwidowanych zakładach czy też organizacjach partyjnych z różnych regionów byłego województwa zielonogórskiego.
Zbiory kartograficzne Działu Historycznego to kolekcja map, rysunków oraz szkiców terenów miejskich oraz regionu. Do najcenniejszych zalicza się plan Zielonej Góry Donatusa Büttnera z 1784 roku. Jest to najstarszy plan miasta, jaki posiadamy w naszych zbiorach. Do innych interesujących map zaliczyć można również mapy katastralne poszczególnych działek Zielonej Góry oraz mapę zielonogórskiego Oderwaldu. Jednym z ciekawszych zabytków powojennych Zielonej Góry jest pierwszy plan miasta wydany w 1947 roku. Zabytki kartograficzne były wielokrotnie wystawiane na ekspozycjach związanych dziejami miasta.
W ramach Działu Historycznego działa Gabinet Numizmatyczny. W swych zbiorach zgromadził ponad 4900 obiektów, na które składają się: monety, banknoty polskie i zagraniczne, medale, medaliony i plakiety. Największą grupę obiektów Gabinetu Numizmatycznego tworzą monety. Pochodzą one z różnych okresów i państw – najstarsze są z czasów Cesarstwa Rzymskiego, część zbiorów to monety średniowieczne oraz XVI-, XVII- i XVIII-wieczne; dużą ilość stanowią przedwojenne monety niemieckie, rosyjskie i austriackie, a na pozostałą część kolekcji monet składają się pieniądze współczesne: rosyjskie ruble, marki niemieckie czy polskie monety z czasów PRL-u.
Istotną część zbiorów numizmatycznych stanowią banknoty papierowe z różnych okresów wydawniczych (m.in. banknoty polskie, marki niemieckie, ruble rosyjskie itp.). Muzeum posiada niemal kompletną kolekcję zielonogórskich papierowych pieniędzy zastępczych oraz notgeldy miast trzech rejencji Śląska wydawanych w latach 1914-1923.
Kolekcja Gabinetu Numizmatycznego to także bogata paleta medali. Zaliczyć do niej można rozmaite medale okolicznościowe, pamiątkowe, rocznicowe, sportowe, seryjne itp.
W Gabinecie znajduje się kompletny zbiór medali Wiesław Müldnera-Nieckowskiego oraz wiele krążków Leszka Krzyszowskiego, Józefa Stasińskiego, Tadeusza Dobosza, Stanisława Pary, Klema Felchnerowskiego, Marka Przecławskiego i Witolda Nowickiego.
