W celu sprawnego i pełnego wypełniania swoich zadań, Dział Finansowy Muzeum w ramach rozmaitych projektów pozyskuje fundusze i dotacje, wykorzystując m.in. środki z Funduszu Małych Projektów Euroregionu Sprewa-Nysa-Bóbr oraz z programów operacyjnych Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego, Miasta Zielona Góra, a także Województwa Lubuskiego, jak również różnego rodzaju stowarzyszeń i fundacji. Pozwala to na realizację zadań związanych z infrastrukturą Muzeum oraz działalnością naukową, wystawienniczą, wydawniczą, edukacyjną i popularyzatorską instytucji. Dzięki otrzymanym w ostatnich latach dotacjom, MZL i Towarzystwo Przyjaciół MZL zrealizowały liczne przedsięwzięcia.